タイトルの通りです。
最近のChromeでは、
『data-uriを使ってファイルダウンロードさせるとき、download属性でファイル名を指定しても無視されてしまい、単に"ダウンロード"というファイル名になる』
という不具合が存在します。詳しくはこちら。
https://code.google.com/p/chromium/issues/detail?id=373182
上記URLによると、一応はワークアラウンドが存在するようです。
しかしキワドイことをやっているように見えるので、個人的にはあまりオススメできません。
Chromium側では既に対応済みのようなので、近々リリースされるでしょう。
待つのが吉。