通常の開発においては、Subversionなどのバージョン管理ツールを使用して成果物を管理すると思います。
ソースコード然り、設計書然り、等々。
ソースコードの管理はEclipseのSubversionクライアントで、設計書等の管理はWindowsのシェルに統合できるSubversionクライアント（要するにTortoiseSVN）で行うのが一般的でしょう。
僕はSubversionクライアントとしてを以下のものを使用しています。
- Eclipse: Subversive＆SVNKit1.2 (Subversion1.5ベース)
- TortoiseSVN: 1.6 (Subversion1.6ベース)
SuversiveとTortoiseSVNでSubversionのバージョンが異なるので、ついうっかりSubversiveが管理しているディレクトリをTortoiseSVNで更新やコミット等を実行してしまうと、それ以降もはやSubversiveでは操作できなくなってしまいます。
この問題を回避するには、最新のSVNKit1.3(Subversion1.6ベース)をインストールすればよいのですが、
とりあえず直ぐに復旧したいときは、当該ディレクトリの.svn/entriesファイルを一か所だけ直接編集すればよいです。
entries (修正前)
10 dir 1234 svn://repsrv/a/b/c svn://repsrv
entries (修正後)
9 ← ここの値を9にする dir 1234 svn://repsrv/a/b/c svn://repsrv
